高速・高正確な市販ポリメラーゼが普及し、DNA末端の相同配列を利用した組換えによりDNA断片を連結する所謂シームレスクローニングが当たり前になってきました。とはいえ、いくら高正確なポリメラーゼを使おうともPCR反応を介する以上は「遺伝子内にエラー（塩基置換・欠損）が入る」可能性はゼロではありません。この可能性は、PCR増幅する遺伝子のサイズが大きければ大きいほど上がり、せっかく目的のベクターにクローニングしても「シーケンスの結果エラーが判明してPCRからやり直し」といった経験をされた方も少なくないと思います。